La representación de los pobladores tiene tres rostro
En el TIPNIS funcionan paralelamente tres organizaciones indígenas: la Subcentral de Cabildos del Territorio Indígena y Parque Nacional Isiboro Sécure (Subcentral TIPNIS), fundada en 1988; la Subcentral Sécure; y el Consejo Indígena del Sur (Conisur).
La Subcentral TIPNIS es la más antigua y no reconoce a las otras dos; sin embargo, los tres entes tienen el aval de diversas instituciones matrices de tierras bajas: la Central de Pueblos Étnicos Mojeños del Beni (CPEMB) reconoce a la Subcentral TIPNIS; el Consejo de Pueblos Indígenas del Beni (CPIB), a la Subcentral del Sécure; y la Coordinadora de los Pueblos del Trópico de Cochabamba (CPITCO), al Conisur.
El Conisur genera desconfianza entre los indígenas, incluso de las comunidades sureñas. Ello se debe a que la Gobernación de Cochabamba apoyó la creación de esa organización, supuestamente, para consolidar el territorio departamental hasta la ribera del río Ichoa (en el centro del TIPNIS, a 50 kilómetros del extremo meridional del área). Los sureños se identifican como benianos hasta en las comunidades más cercanas a Villa Tunari (municipio cochabambino), como es el caso de San Miguelito, a orillas del río Isiboro y a dos horas por carretera ripiada de la ciudad chapareña. En mayo de 2010, el Conisur, junto con otras organizaciones del TIPNIS, acudió a una reunión en la que el gobierno presentó el proyecto de la carretera Villa Tunari-San Ignacio; sin embargo, la mayoría de los pobladores sureños desconoció que esa entidad los represente. Los habitantes de San Miguelito y Santísima Trinidad, consultados por la Fundación TIERRA, señalaron que las 64 comunidades de la TCO están afiliadas a la Subcentral TIPNIS, dirigida por Adolfo Moye.
En el nivel local, las comunidades de los tres pueblos indígenas se organizan de acuerdo con la estructura establecida por los mojeños. Los corregidores son la máxima autoridad en cada núcleo poblacional y el Cabildo es la instancia de decisión comunal. Si es necesario, los corregidores se reúnen para analizar un tema determinado y sus conclusiones son de cumplimiento obligatorio. La Subcentral TIPNIS tiene el aval del encuentro de corregidores y actúa bajo su mandato.
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